По моему мнению, не стоит забывать и про саму скважину. Я бы проверил её состояние, герметичность обсадной трубы и участок вокруг устья. Иногда проблема связана не только с качеством воды, но и с тем, что загрязнения попадают внутрь через повреждения или плохо защищённый оголовок.